Eugen Nicolicea s-a afirmat politic în PSD Mehedinţi. A fost preşedintele acestei formaţiuni politice din anul 2000 până în anul 2009, perioadă în care a cunoscut atât succese cât şi înfrângeri politice. Eugen Nicolicea s-a identificat cu PSD Mehedinţi, devenind liderul său incontestabil. 2008 a fost anul în care PSD Mehedinţi a suferit, cu Eugen Nicolicea la conducerea sa, cea mai usturătoare înfrângere electorală. Atunci a pierdut atât preşedinţia Consiliului Judeţean Mehedinţi, cât şi Primăria municipiului Drobeta Turnu Severin. Eugen Nicolicea a fost considerat principalul responsabil pentru acest eşec electoral. Deşi Eugen Nicolicea a fost reales pentru cel de-al cincilea mandat consecutiv de deputat, în toamna anului 2008, acesta a intrat în conflict deschis cu secretarul general al partidului la acea dată, Adrian Duicu.

În primăvara anului următor, mai precis în luna martie a anului 2009, în cadrul unei Conferinţe judeţene de alegeri, Adrian Duicu era ales în fruntea PSD Mehedinţi, iar Eugen Nicolicea începea să devină din ce în ce mai neînsemnat în partidul în care se afirmase. După câteva luni, Eugen Nicolicea era exclus din PSD Mehedinţi, partidul în care a avut parte de cele mai mari satisfacţii politice. Rivalitatea politică dintre Eugen Nicolicea şi Adrian Duicu a continuat şi după excluderea primului din partid. Devenit preşedinte al PSD Mehedinţi, Adrian Duicu a vrut cu tot dinadisul ca Eugen Nicolicea să fie „exilat” din judeţ.

Deşi intrat în USL, ca membru fondator al UNPR, Eugen Nicolicea nu a mai putut candida la ultimele alegeri parlamentare, cele din luna decembrie 2012, pe colegiul uninominal IV Camera Deputaţilor din judeţul Mehedinţi, respectiv colegiul unde deţinea funcţia de deputat. Adrian Duicu declarase, încă înainte de începerea campaniei electorale, că este exclusă o candidatură a deputatului Nicolicea într-un colegiu din judeţ din partea alianţei politice pe care o reprezintă. Chiar şi aşa, Eugen Nicolicea şi-a adjudecat cel de-al şaselea mandat consecutiv de deputat într-un colegiu din Buzău. El a fost printre fondatorii UNPR, devenind vicepreşedinte al acestui partid la nivel naţional. În cursul acestui an, Eugen Nicolicea a revenit în PSD, în prezent fiind membru al Organizaţiei PSD Buzău.